The Panthers masih tertinggal satu poin dari pemuncak klasemen Grup F, Pantai Gading, yang mengalahkan Seychelles 7-0.
Hanya juara grup yang dipastikan lolos ke putaran final 2026 di Amerika Serikat, Meksiko, dan Kanada, tetapi tim peringkat kedua masih berpeluang mencapai turnamen tersebut melalui play-off Afrika dan antarbenua.
Dengan Pantai Gading yang diperkirakan akan mengalahkan Seychelles yang belum pernah menang, Gabon tahu bahwa mereka secara realistis membutuhkan tiga poin dari lawatan ke Nairobi yang netral untuk membawa tantangan mereka ke babak final.
Tim Afrika Barat tersebut sempat unggul dua kali di babak pertama melalui mantan striker Arsenal, Barcelona, dan Chelsea, Aubameyang, tetapi dengan cepat diimbangi di kedua kesempatan tersebut.
Yankuba Minteh dan Adama Sidibeh menyamakan kedudukan untuk Gambia, dan Sidibeh kemudian membawa Scorpions unggul dua menit memasuki babak kedua.
Aubameyang mengubah skor menjadi 3-3 ketika ia melengkapi hat-trick-nya dengan sundulan tepat setelah satu jam pertandingan, dan ia kemudian membawa Gabon kembali unggul pada menit ke-78 dengan tendangan keras yang melintasi gawang.
Namun, striker berusia 36 tahun itu mendapat kartu kuning setelah menendang – dan mematahkan – bendera sudut sebagai bagian dari perayaan golnya dan diusir keluar lapangan lima menit sebelum pertandingan berakhir karena mendorong bek Gambia, Alagie Saine, secara tidak sengaja.
Aubameyang kini akan menjalani skorsing ketika Gabon mengakhiri kiprahnya dengan pertandingan kandang melawan Burundi pada hari Senin (19:00 GMT).
Dengan selisih gol yang jauh lebih rendah dari pemuncak klasemen, The Panthers harus menang dan berharap Pantai Gading tergelincir di kandang melawan Kenya pada saat yang sama agar dapat lolos ke Piala Dunia pertama mereka.
Tim Pantai Gading berada di jalur yang tepat untuk kembali ke turnamen untuk pertama kalinya sejak 2014 setelah meraih kemenangan atas Seychelles di Mauritius yang netral.
Penalti Ibrahim Sangare di awal pertandingan membuka keunggulan sang juara bertahan kontinental atas tim kepulauan Samudra Hindia, dan Emmanuel Agbadou, Oumar Diakite, dan Evann Guessand juga mencetak gol sebelum babak pertama berakhir.
Yan Diomande mencetak gol kelima setelah jeda, Simon Adingra mencetak gol keenam, dan Franck Kessie melengkapi kemenangan telak di menit terakhir.
Teranga Lions dan Leopards menang
Sementara itu, pertarungan kualifikasi Senegal dengan RD Kongo di Grup B juga akan berlangsung hingga hari terakhir fase grup Afrika setelah kedua tim menang pada hari Jumat.
Penyerang Crystal Palace, Ismaila Sarr, mencetak dua gol saat Teranga Lions meraih kemenangan tandang 5-0 atas Sudan Selatan.
Sarr melepaskan tendangan voli menyambut umpan silang Iliman Ndiaye pada menit ke-30 untuk membawa tim Afrika Barat itu unggul, dan Sadio Mane memanfaatkan umpan silang Ndiaye lainnya pada menit pertama babak kedua.
Setelah Sarr memanfaatkan bola lepas untuk mencetak gol keduanya, penalti Nicolas Jackson mengubah skor menjadi 4-0 dengan sisa waktu setengah jam, dan Cherif Ndiaye menutup skor di Juba pada menit ke-75.
Republik Demokratik Kongo memastikan mereka tetap dalam persaingan dengan meraih kemenangan 1-0 atas Togo berkat gol awal Cedric Bakambu.
Hasil tersebut membuat Senegal mempertahankan keunggulan dua poin atas Republik Demokratik Kongo di Grup B, dan unggul tiga gol atas Leopard dalam hal selisih gol.
Senegal akan menjamu Mauritania dan Republik Demokratik Kongo menjamu Sudan di babak final pada hari Senin (19:00 GMT).
Upaya Sudan untuk finis di posisi kedua berakhir setelah mereka ditahan imbang tanpa gol oleh Mauritania.